Sejarah lahirnya integrasi ilmu di Universitas Muhammadiyah Yogyakarta bukanlah merupakan ide yang baru muncul dalam beberapa tahun terakhir. Upaya untuk mengembangkan ide ini dengan mengintegrasikan antara sains dan peradaban Islam telah lama menjadi wacana, setidaknya sejak akhir tahun 90-an, saat banyak intelektual Islam memiliki keresahan yang sama terhadap paradigma ilmu pengetahuan. Situasi demikian terjadi saat di mana dunia dipaksa mengakui bahwa sumber pengetahuan adalah yang hanya diproduksi oleh abad modern, yang cenderung monodisiplin dan menihilkan pandangan disiplin ilmu yang lain, termasuk peran agama dan wahyu. Ketiadaan paradigma integratif ini yang kemudian menjadi spirit bagi intelektual Islam untuk mendengungkan kembali karakter peradaban Islam dan ilmu pengetahuan yang bersifat polimatik.

     Kondisi inilah yang juga menjadi motivasi bagi Universitas Muhammadiyah Yogyakarta untuk menerapkan paradigma integrasi ilmu dalam ruang akademik. Wacana integrasi ilmu pertama kali muncul pada tahun 1999, saat Almarhum Said Tuhuleley dari Lembaga Penelitian, Publikasi dan Pengabdian Masyarakat (LP3M) bersama Husni Amriyanto sebagai Wakil Rektor III mengumpulkan para dosen untuk membahas Islamisasi ilmu di lingkungan Universitas Muhammadiyah Yogyakarta. Gagasan ini kemudian menjadi pergumulan dialektika hingga tahun 2002, secara formal, Lembaga Pengkajian dan Pengamalan Islam (LPPI) Universitas Muhammadiyah Yogyakarta, menerbitkan buku berjudul Islamisasi Kampus & Ilmu Pengetahuan. Dengan berbagai diskursus yang terjadi pada saat itu, Universitas Muhammadiyah Yogyakarta memandang bahwa, diperlukan upaya untuk melakukan proses Islamisasi ilmu. Namun demikian wacana ini bukan hanya meliputi aspek akademis saja tetapi juga pada wilayah praksis, mengenai perancangan tata kelola kampus secara Islami.

     Untuk mencari gambaran dan pola terbaik integrasi ilmu di kampus, Universitas Muhammadiyah Yogyakarta melakukan berbagai upaya guna mewujudkan hal tersebut. Di antara berbagai upaya tersebut, antara lain: Pertama, Universitas Muhammadiyah Yogyakarta mengundang para pakar untuk berbicara tentang upaya implementasi integrasi ilmu di Universitas Muhammadiyah Yogyakarta, seperti Wan Mohd Nor Wan Daud dan Omar Hasan yang merupakan pengajar di International Islamic University Malaysia (IIUM). Kedua, mengirimkan para dosen untuk melanjutkan studi di IIUM dan belajar lebih dalam tentang integrasi keilmuan, khususnya Islamic Revealed Knowledge. Ketiga, bekerja sama dengan berbagai institusi terkait, khususnya dengan International Institute of Islamic Thought and Civilization (ISTAC), untuk mengadakan seminar dan workshop yang berbicara tentang integrasi keilmuan.

     Namun demikian, upaya untuk mengimplementasikan integrasi ilmu tidak berjalan dengan maksimal. Perjalanan ini sempat terputus selama beberapa waktu. Hingga kemudian wacana ini kembali bergulir di lingkungan kampus. Salah satu bentuk aktualisasi yang dilakukan adalah dengan megadakan seminar internasional dengan tema Reaktualisasi Al-Qur’an untuk Pengembangan Ilmu Pengetahuan, yang diadakan pada tahun 2016. Dialektika keilmuan ini terus berlanjut hingga beberapa buku yang memuat tentang diskursus integrasi ilmu lahir, seperti Epistemologi Qur’ani dan Ikhtiar Pengembangan Ilmu Pengetahuan (2018), Pendekatan Qur’ani dalam Ilmu Pengetahuan (2020), dan Indeks Qur’an dan Hadis dalam Bidang Ekonomi (2021), yang seluruhnya diterbitkan oleh LPPI UMY.

     Puncaknya, kesadaran akan kebutuhan wadah untuk mengembangkan paradigma integrasi ilmu memantik Universitas Muhammadiyah Yogyakarta untuk membentuk lembaga yang menaungi fokus ini. Hingga akhirnya, proses ini kemudian melahirkan lembaga yang secara khusus menaungi praktik integrasi di kampus dengan nama Center for Integrative Science and Islamic Civilization (CISIC). Lembaga ini diinisiasi oleh Badan Pembina Harian Universitas Muhammadiyah Yogyakarta (BPH UMY) dan disahkan oleh Rektor Universitas Muhammadiyah Yogyakarta. Dari kelahiran CISIC inilah yang kemudian menjadi wadah bagi pengembangan paradigma integrasi ilmu di lingkungan Universitas Muhammadiyah Yogyakarta dan diharapkan dapat menjadi pusat unggulan bagi pengembangan ilmu pengetahuan dengan mengintegrasikan ajaran Islam dengan tradisi dan modernitas dalam lintas disiplin ilmu.